Il funzionamento dello schiumatoio riproduce un effetto che avviene anche in natura, quello delle onde che si infrangono sulla spiaggia e che portano con se mediante la schiuma le sostanze organiche disciolte nell'acqua. Lo schiumatoio riproduce questo semplice principio, la produzione di microbollicine immesse miscelate insieme all' acqua in una colonna di contatto. Alle bollicine aderiscono le molecole organiche derivate dagli escrementi dei pesci (DOC: Dissolved Organic Compound) che vengono depositate in apposito contenitore. In questo modo le molecole organiche vengono estratte fisicamente dall'acqua e non viene consentito loro di trasformarsi in Nitrati e Fosfati. Le molecole organiche hanno una estremità polarizzata (idrophila) che viene attratta dalle molecole d' acqua, ed una estremità non polarizzata (idrophoba) che respinge le molecole d'acqua e che viene attratta da quelle d'aria. Grazie a questa azione elettrostatica le molecole organiche aderiscono perfettamente alle bollicine d'aria immesse nella colonna di contatto, e formano una pellicola intorno alle bolle che le rende stabili di forma e di dimensioni, ed impedisce loro di riunirsi in bolle più grandi. Le molecole organiche seguiranno le bollicine nella loro naturale migrazione verso la superficie dell' acqua, ed una volta raggiunta la superficie risaliranno insieme alla schiuma che si accumula attraverso il collo del bicchiere, fino a depositarsi nel contenitore ed essere definitivamente estratte dall' acqua. Mediante la schiuma depositata nel bicchiere lo schiumatoio è in grado di eliminare:
- Proteine.
- Amminoacidi.
- Carboidrati.
- Lipidi.
- Batteri.
- Acidi grassi.
- Fenoli.
- Iodio.
- Phitoplancton e plancton.
- Alcuni metalli (Ferro, Rame, Zinco).
- Residui vari e particelle in sospensione.
- Tossine prodotte dagli invertebrati.